Ploegspecialisaties
Alle commandotroepencompagnieën hebben ploegen met bijzondere specialiteiten. In het begin waren de bijzondere specialiteiten parachutespringen, optreden in bergachtig terrein en optreden in waterrijke gebieden. Eind jaren ‘90 kreeg iedere compagnie ook nog speciale contraterrorisme-ploegen.
Parachutespringen
Globaal kent het militaire parachutespringen 2 varianten. De eerste is de High Altitude High Opening (HAHO). Hierbij legt de operator grote afstanden af door de lucht. De tweede is de High Altitude Low Opening (HALO). Daarmee kan een commando snel en ongezien bij zijn landingsplaats komen.
Een zuurstofmasker en speciale kleding tegen de kou zijn bij beide varianten nodig. Commando’s moeten ook ’s nachts kunnen springen. Dat vereist enige coördinatie: de hele ploeg moet op een onbekende landingsplaats terecht komen.
Bergachtig terrein
Er zijn ook commando’s die zich specialiseren om in bergachtig terrein op te treden. Zij volgen in Duitsland of Oostenrijk de opleiding tot Heeresbergführer (militaire berggids). Dit is de meest prestigieuze opleiding voor berggidsen in de wereld. Hierbij horen ook tactisch optreden op ski’s, ijs- en rotsklimmen en werken op hoogte. De laatste training komt commando’s ook van pas in verstedelijkte gebieden.
Waterrijke gebieden
Ploegen die zich specialiseren in het optreden in waterrijke gebieden, doen dat zowel op als onder water. Zij volgen vaaropleidingen en leren militair-tactisch zwemmen en duiken.
Het Korps Commandotroepen was in de loop der jaren ook actief bij nationale operaties. Bijvoorbeeld voor humanitaire hulpverlening bij rampen. Een voorbeeld is de Watersnoodramp van 1953. Hier schoten commando's de ontredderde bevolking van Zeeland te hulp. De film 'Een dag in het noodgebied' geeft hier een beeld van.
Contraterrorisme
Contraterrorisme-ploegen beëindigen gijzelingsacties of arresteren terreurverdachten. Sinds 2001 wordt de kans op terreur groter geacht. Daardoor is contraterreur een taak geworden van alle commandoploegen.