De Bestuursstaf maakt het beleid voor het ministerie van Defensie. Het stuurt het departement op hoofdlijnen aan, verdeelt het Defensiebudget en controleert de uitgaven. De commandanten van de krijgsmachtdelen zorgen dat het beleid van de Bestuursstaf wordt uitgevoerd. De Bestuursstaf adviseert de minister ook als lid van het kabinet.
De minister is verantwoordelijk voor het algehele beleid van Defensie. De ambtelijke leiding ligt in handen van de secretaris-generaal. De Commandant der Strijdkrachten is de belangrijkste militaire adviseur van de minister. En stuurt de commandanten aan van de marine, landmacht, luchtmacht, Defensie Materieel Organisatie, Defensie Ondersteuningscommando, Defensie Cyber Commando en Special Operations Commando.